消化科属下的胃肠内镜室位于门诊部三楼，配备了最先进的电子镜（胃镜、结肠镜、十二指肠镜）及其配套设备，每周有六天胃镜检查，五天结肠镜检查，二天十二指肠镜检查。能准确诊断消化系疾病如：炎症、溃疡、肿瘤等，已发现多例消化道早期癌症。积极开展内镜下治疗技术，技术水平达省内先进水平，使原来必须外科手术治疗的病人，在内镜治疗下能达到治愈目的，如：消化道息肉（包括部分早期癌变的病例）内镜下高频电摘除术、消化道异物（打火机、缝纫针、鱼骨等）内镜下钳取术、十二指肠乳头切开取胆道结石，胆管引流、放置胆道支架等。食管狭窄（良恶性）、贲门失弛缓症内镜下扩张术及放置支架，肝硬化食管静脉曲张硬化注射治疗及套扎术，尤其是套扎术在广东省率先开展，该项科研成果荣获“1994年佛山市医药卫生技术三等奖”。